مهم‌ترين كتاب‌هايي كه درباره آيت‌الله شهيد محمد صدوقي منتشر شده‌اند، عبارتند از:
ـ آیت تدبیر و مدارا/ حجت‌‌الاسلام محمدحسن معزالدینی / مرکز نشر فرهنگ یزد، انتشارات کتابخانه‌های عمومی استان یزد.
ـ به یاد چهارمین سالگرد سومین شهید محراب / حجت‌الاسلام ابوالقاسم مناقب.
ـ رهنمودهای حضرت آیت‌الله صدوقی، سومین شهید محراب (دیدار با اعضای انجمن‌های اسلامی ادارات و موسسات دولتی استان یزد) / واحد تبلیغات و آموزش اتحادیه انجمن‌های اسلامی ادارات و موسسات (یزد).
ـ زندگی‌نامه شهید آیت‌الله صدوقی / محمد موسوی/ نشر بشیر (قم).
ـ مبارک باد معراج صدوقی بر همه یاران / حزب جمهوری اسلامی.
ـ یادنامه شیخ‌الشهداء / حیدر نیک‌آیین / بنیاد شهید انقلاب اسلامی، اداره کل پژوهش‌های فرهنگی (یزد).
ـ از محراب تا معراج (یادواره سومین شهید محراب آیت‌الله صدوقی) / جهاد دانشگاهی دانشگاه شیراز / 1361.
ـ فاجعه دهم رمضان (یادواره سومین شهید محراب، شیخ الشهدا آیت‌الله صدوقی)/ انتشارات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منطقه 2 کشور/ 1362. 
ـ مجموعه اطلاعیه‌های سومین شهید محراب حضرت آیت‌الله صدوقی از قبل انقلاب تا شهادت / مرکز مدارک فرهنگی انقلاب اسلامی / وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی / 1362.
ـ ی‍ادواره‌ س‍وم‍ی‍ن‌ ش‍ه‍ی‍د م‍ح‍راب‌ آی‍ت‌‌ال‍ل‍ه‌ ص‍دوق‍ی‌/ گردآورنده محمد مكي/ ان‍ت‍ش‍ارات‌ ام‍ام‌ م‍ح‍م‍دب‍اق‍ر(ع‌) (قم) / 1362.
ـ گوشه‌هایی از زندگی شهید رمضان، حضرت آیت ‌الله صدوقی / 1363.
ـ شهید صدوقی (صداقت محراب) / محمدجواد نورمحمدی / سازمان تبلیغات اسلامی، مرکز چاپ و نشر / 1376.
ـ قنوت عشق (مجموعه دروس اخلاق و گزیده ای از گفتارها و دیدگاه‌های سومین شهید محراب آیت‌الله صدوقی) / صدرالدین دهقان / فرمانداری یزد (یزد) / 1376.
ـ یاران امام به روایت اسناد ساواک (شهید آیت‌الله حاج شیخ محمد صدوقی) (2جلد)/ مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات / حوزه هنری، سازمان تبلیغات اسلامی / 1377.
ـ شهید صدوقی / هدایت‌الله بهبودی / انتشارات مدرسه / 1377.
ـ پرواز در محراب/ اداره کل فرهنگ و ارشاد اسلامی استان یزد/ 1377. 
ـ شهید صدوقی (عملکرد، مبارزات، دیدگاه‌ها) / شهلا بختیاری / مرکز اسناد انقلاب اسلامی / 1378.
ـ لاله‌ای در کویر / زهرا شریفی / صدا و سیمای مرکز یزد / 1378.
ـ ع‍لام‍ه‌ ص‍دوق‍ی‌، رادم‍رد ع‍ل‍م‌ و ای‍م‍ان‌/ ن‍وی‍س‍ن‍ده‌ م‍ص‍طف‍ی‌ ص‍دوق‍ی‌ / دارالام‍ام‌ ال‍رض‍ا(ع) (قم) / 1380.
ـ آیت صدق و صفا / سبحانی / مرکز پژوهش‌های اسلامی صدا و سیما (قم) / 1380.
ـ مدیریت بحران (پژوهش پیرامون ابعاد مدیریتی سومین شهید محراب آیت‌الله صدوقی) / محمد حجتی / ریحانة‌الرسول(ص) (یزد) / 1380.
ـ ی‍ادنام‍ه‌ ب‍زرگ‍داش‍ت‌ س‍وم‍ی‍ن‌ ش‍ه‍ی‍د م‍ح‍راب‌ ح‍ض‍رت‌ آیت‌‌ال‍ل‍ه‌ ص‍دوق‍ی‌(ره‌) / ب‍ه‌اه‍ت‍م‍ام‌ م‍ح‍م‍دحسن م‍ع‍زال‍دی‍ن‍ی‌ / وزارت‌ ف‍ره‍ن‍گ‌ و ارش‍اد اس‍لام‍ی‌/ س‍ازم‍ان‌ چ‍اپ‌ و ان‍ت‍ش‍ارات (تهران) و ان‍ج‍م‍ن‌ آث‍ار و م‍ف‍اخ‍ر ف‍ره‍ن‍گ‍ی‌ اس‍ت‍ان‌ ی‍زد / 1381. 
ـ خ‍لاص‍ه ‌م‍ق‍الات‌ ک‍ن‍گ‍ره‌ ب‍زرگ‍داش‍ت‌ ح‍ض‍رت‌ آیت‌ال‍ل‍ه‌ ش‍ه‍ی‍د ص‍دوق‍ی‌(ره‌) / ان‍ج‍م‍ن‌ آث‍ار و م‍ف‍اخ‍ر ف‍ره‍ن‍گ‍ی‌ اس‍ت‍ان‌ ی‍زد؛ ب‍ه‌ک‍وش‍ش‌ ج‍واد ان‍ص‍اری‌‌ف‍رد / وزارت‌ ف‍ره‍ن‍گ‌ و ارش‍اد اس‍لام‍ی‌، س‍ازم‍ان‌ چ‍اپ‌ و ان‍ت‍ش‍ارات‌ / 1381.
ـ ش‍ه‍ی‍د ص‍دوق‍ی‌(ره‌) و ان‍ق‍لاب‌ اس‍لام‍ی‌ / م‍ح‍م‍د اخ‍وان‌ف‍رد / وزارت‌ ف‍ره‍ن‍گ‌ و ارش‍اد اس‍لام‍ی‌، س‍ازم‍ان‌ چ‍اپ‌ و ان‍ت‍ش‍ارات‌ / 1381.
ـ روزه‏دار سفر نور / محمدرضا کلانتری سرچشمه‏ / رادمنش (یزد) / 1383.
ـ شهید صدوقی و شهادت‏ / محمدرضا کلانتری سرچشمه‏ / نشر شاهد/ 1383.
ـ آی‍ت‌‌الله ش‍ه‍ی‍د ص‍دوق‍ی‌ و دف‍اع‌ م‍ق‍دس‌/ م‍ح‍م‍درض‍ا ک‍لان‍ت‍ری‌ س‍رچ‍ش‍مه/ ک‍ن‍گ‍ره‌ ب‍زرگ‍داش‍ت‌ س‍وم‍ی‍ن‌ ش‍ه‍ی‍د م‍ح‍راب‌ وسرداران شهيد استان يزد/ 1384. 
ـ نشريه شاهد ياران (شماره 34) / نشر شاهد / 1387.
ـ روزی خواهم خفت برای همیشه / شمسي خسروي / سوره مهر / 1388.
ـ قصه‌ی یک آشنا/ صديقه عظيمي‌نيا / صديقه عظيمي‌نيا (يزد) / 1388.